تأسست عمادة المكتبات في العام 2000م بمدينة عطبرة وقد سبق ذلك إنشاء مكتبة كلية الهندسة (1971م) أولى مكتبات الجامعة ومكتبة كلية التربية (1985م). تبع ذلك تأسيس بقية مكتبات الجامعة بالكليات المختلفة حتى بلغ عددها (10) مكتبات.

حرصت العمادة على المواكبة التقنية وذلك بالحاق المكتبة الالكترونية بكل مكتبة كلية وبناء مستودع رقمي يحتوي على النصوص الكاملة لإصدارات مجلات الجامعة والإنتاج الفكري لأعضاء هيئة التدريس والرسائل الجامعية والمحاضرات وغيرها من الملفات الرقمية المتاحة على الرابط:

dglib.nilevalley.edu.sd:8080/xmlui، كما تم ربط مكتبات الكليات بفهرس آلي موحد يتيح التعرف على محتويات المكتبات على الرابط: unvlib.nilevalley.edu.sd

تهتم العمادة بتزويد مكتبات الجامعة بالكتب المنهجية والمرجعية والدوريات من دور النشر المحلية والإقليمية، وتراعى في ذلك أن تكون المراجع المضافة مواكبة للتطور العلمي والبرامج الدراسية المطروحة في الجامعة كما تسعى دائماً لتجويد الأداء وتلبية معايير الاعتماد والجودة العالمية. وتتطلع العمادة إلى تنفيذ خططها المستقبلية بدعم إدارة الجامعة لتحقيق مطالب المستفيدين.