في ختام مهرجان القرآن الكريم بمدينة الدامر بتاريخ 3 مارس 2004م وجه رئيس الجمهورية بقيام كلية القرآن الكريم بجامعة وادي النيل بالدامر. وفي 19 مارس 2009م أصدر السيد مدير الجامعة قراراً بتكوين لجنة لإعداد مناهج كلية القرآن الكريم. وفي 22/3/2011م أصدر السيد وزير التعليم العالي والبحث العلمي قراره بإنشاء وقيام الكلية وبدأ القبول في نفس العام وتوالت الدفعات من الطلاب واحتفلت الكلية بتخريج الدفعة الأولى في العام 2015م. وفي العام 2018م تم قبول أول دفعة للطالبات وذلك بعد انتقال الكلية من مدينة سقادي إلى مدينة الدامر.